L’any 1189, el comte d’Urgell Ermengol VIII va donar unes terres de l’Horta d’Avall per a què s’hi construís un monestir de monges de l’orde de Sant Benet. Aquest emplaçament era conegut com les Franqueses i la principal impulsora del projecte va ser la mare del comte, Dolça de Foix. 

A partir del segle XIII s’hi constitueix una important comunitat monàstica amb més de cinquanta monges, quatre sacerdots, un diaca i vuit serfs. Amb el temps el monestir va acumular un ampli patrimoni, però degut a difícil gestió i a l’aïllament, al segle XIV s’inicia un període de decadència. 

Malgrat els esforços per revertir la situació, el monestir es va veure forçat ser adscrit al priorat de Poblet, que l’any 1700 el va vendre al noble Francesc Portolà (avi de Gaspar de Portolà), el qual el va convertir en una explotació agrícola. 

De l’antic cenobi avui només en queda l’església, alguns vestigis del mur de tancament i el basament del claustre. 
Santa Maria de les Franqueses és una construcció típica del Cister, amb planta de creu llatina coberta amb volta de canó al creuer i apuntada a la resta de la nau. Té tres absis, dels quals només se’n manifesta un a l’exterior, i capelles al transsepte. Les finestres són d’arc de mig punt, i la rosassa és doblement botzinada, decorada amb elements geomètrics i vegetals. L’interior és força auster i pràcticament no hi ha decoració, a excepció d’alguns elements molt estilitzats. 
Quant als altres espais del monestir, es creu que a la zona del claustre també hi hauria hagut el refectori, la sala capitular i la biblioteca. També es creu que en un pis superior hi haurien les estances de les monges.